Mutaciones del gen ARN ribosómico 23S de Helicobacter pylori asociadas con resistencia a claritromicina en pacientes atendidos en una unidad de endoscopia de Medellín, Colombia / Mutations in the Helicobacter pylori 23S rRNA gene associated with clarithromycin resistance in patients at an endoscopy unit in Medellín, Colombia

Resumen Introducción. La claritromicina es el antibiótico de primera línea para el tratamiento de la infección por Helicobacter pylori. La resistencia bacteriana se produce principalmente por mutaciones puntuales del gen ARN ribosómico 23S (ARNr 23S). Objetivo. Determinar la frecuencia de las mutaciones puntuales A2143G y A2142G del gen ARNr 23S asociadas con la resistencia de H. pylori a la claritromicina en muestras de pacientes con manifestaciones dispépticas en Medellín, región noroccidental de Colombia. Materiales y métodos. Se extrajo ADN a partir de muestras de biopsia gástrica obtenidas de pacientes con manifestaciones dispépticas atendidos en una unidad de endoscopia entre el 2016 y el 2017. Mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR), se amplificaron las regiones s y m del gen vacA y una región del gen ARNr 23S bacteriano. La presencia de las mutaciones A2142G y A2143G se determinó por la técnica de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) con las enzimas BbsI y BsaI, respectivamente. Resultados. Se encontró una prevalencia de infección de 44,2 % (175/396), según el informe de histopatología. En 143 de estas 175 muestras positivas se amplificaron las tres regiones del genoma bacteriano. Se identificaron las mutaciones A2143G y A2142G en 27 muestras (18,8 %; 27/143), la mutación más frecuente fue la A2143G (81,5 %; 22/27). Conclusiones. Hubo una gran prevalencia de mutaciones asociadas con la resistencia de H. pylori a la claritromicina en la población de estudio. Se requieren estudios adicionales para establecer la resistencia bacteriana en la población colombiana y, así, determinar los tratamientos de primera línea y de rescate.

Abstract Introduction: Clarithromycin is the first-line antibiotic for the treatment of Helicobacter pylori infection. Bacterial resistance is mainly due to the presence of specific mutations in the 23S ribosomal RNA (rRNA) gene. Objective: To determine the frequency of A2143G and A2142G specific mutations in the 23S rRNA gene associated with clarithromycin resistance of H. pylori in samples from patients with dyspeptic manifestations in Medellín, northwestern Colombia. Materials and methods: DNA was extracted from gastric biopsy samples of patients with dyspeptic manifestations seen at an endoscopy unit in Medellín between 2016 and 2017. PCR was performed to amplify the bacterial s and m vacA regions, and a region in the 23S rRNA gene. The presence of the A2142G and A2143G mutations was determined using the restriction fragment length polymorphism (RFLP) technique with the BbsI and BsaI enzymes, respectively. Results: The prevalence of infection was 44.2% (175/396), according to the histopathology report. The positive samples were analyzed and the three regions of the bacterial genome were amplified in 143 of the 175 samples. The A2143G and A2142G mutations were identified in 27 samples (18.8%, 27/143). The most frequent mutation was A2143G (81.5%, 22/27). Conclusions: We found a high prevalence of H. pylori mutations associated with clarithromycin resistance in the study population. Further studies are required to determine the bacterial resistance in the Colombian population in order to define first line and rescue treatments.

Polimorfismos en los genes de la enzima alcohol deshidrogenasa (ADH1) y la citocromo P450 2E1 (CYP2E1) en pacientes con cirrosis y carcinoma hepatocelular / Polymorphisms in alcohol dehydrogenase (ADH1) and cytochrome p450 2E1 (CYP2E1) genes in patients with cirrhosis and/or hepatocellular carcinoma

Introducción. Uno de los principales factores de riesgo del carcinoma hepatocelular es el consumo crónico de alcohol. En estudios en diferentes poblaciones, se sugiere que las variantes genéticas de las enzimas que participan en el metabolismo del alcohol, como la alcohol deshidrogenasa (ADH) y la citocromo P450 (CYP2E1), estarían asociadas con riesgo de enfermedades hepáticas terminales. Objetivo. Identificar y caracterizar las variantes alélicas de los genes ADH1B, ADH1C y CYP2E1 en pacientes colombianos con diagnóstico de cirrosis y carcinoma hepatocelular. Materiales y métodos. Se incluyeron muestras de pacientes atendidos entre el 2005 y el 2007, y entre el 2014 y el 2016, en la unidad de hepatología de un hospital de Medellín. La genotipificación de las muestras se hizo mediante reacción en cadena de la polimerasa (Polymerase Chain Reaction, PCR) con análisis de los polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP). Los resultados se compararon con los de dos grupos de control y con lo reportado en la base de datos del 1000 Genomes Project. Resultados. Se recolectaron 97 muestras de pacientes con diagnóstico de cirrosis y carcinoma hepatocelular. Los dos factores de riesgo más frecuentes fueron el consumo crónico de alcohol (18,6 %) y las colangiopatías (17,5 %). Los genotipos más frecuentes en la población de estudio fueron el ADH1B*1/1 (82 %), el ADH1C*1/1 (59 %) y el CYP2E1*C/C (84 %). Conclusiones. En este primer estudio de los polimorfismos en pacientes colombianos con diagnóstico de cirrosis y carcinoma hepatocelular, los genotipos más frecuentes fueron el ADH1B*1/1, el ADH1C*1/1 y el CYP2E1*C/C. No se observaron diferencias estadísticamente significativas en la frecuencia de los genotipos entre los casos y los controles. Se requieren estudios adicionales en población colombiana para evaluar el riesgo de la enfermedad hepática terminal por consumo crónico de alcohol y la asociación con los polimorfismos.

Introduction: One of the most important risk factors for hepatocellular carcinoma (HCC) is alcohol consumption: Studies in different populations suggest that the risk of liver disease could be associated with genetic variants of the enzymes involved in alcohol metabolism, such as alcohol dehydrogenase (ADH) and cytochrome P450 CYP2E1. Objective: To identify and characterize the allelic variants of ADH1B, ADH1C and CYP2E1 genes in Colombian patients with cirrhosis and/or HCC. Materials and methods: We included samples from patients attending the hepatology unit between 2005-2007 and 2014-2016 of a hospital in Medellin. Samples were genotyped using PCR-RFLP. We compared the results with two control groups and the 1000 Genomes Project database. Results: We collected 97 samples from patients with a diagnosis of cirrhosis and/or HCC. The two main risk factors were chronic alcohol consumption (18.6%) and cholangiopathies (17.5%). The most frequent genotypes in the study population were ADH1B*1/1 (82%), ADH1C*1/1 (59%), and CYP2E1*C/C (84%). Conclusions: This first study of polymorphisms in Colombian patients diagnosed with cirrhosis and/or HCC showed genotypes ADH1B*1/1, ADH1C*1/1 and CYP2E1*C/C as the most frequent. We found no significant differences in the genotype frequency between cases and controls. Further studies are necessary to explore the association between polymorphisms and the risk of end-stage liver disease from alcohol consumption.